Оказывается, все просто. Для начала заходим в порты и устанавливаем:

# cd  /usr/ports/www/mod_fcgid

# make

# make install

После чего открываем конфиг апача

# vi /usr/local/etc/apache22/httpd.conf

И вставляем в конец:

 LoadModule fcgid_module libexec/apache22/mod_fcgid.so 
 AddHandler fcgid-script .fcgi

Сохраняем и выходим.
Далее рестартим апач:

#  /usr/local/etc/rc.d/apache22 restart

Если у нас есть ISPManager, то открываем файл ispmgr.conf

# vi /usr/local/ispmgr/etc/ispmgr.conf

И добавляем туда

Option ForcePhpFastCgi

Сохраняем и выходим.

Перезапускаем панель командой

# killall -9 ispmgr

И радуемся жизни =)

Не забываем, что чтобы перенести сайты на FastCGI, для начала нужно дать на это права пользователю (делается в свойстах), а затем переназначаем режим PHP сайту.

Успехов!