Если столкнулись с такой ошибкой, то нужно вручную удалить домен из /etc/apache2/apache2.conf и /etc/nginx/nginx.conf в Debian/Ubuntu
Далее перезагружам:
# /etc/init.d/apache2 restart
# /etc/init.d/nginx restart
# killall -9 ispmgr
Возможно, выйдет ошибка:
Ошибка: rotate уже существует
Удаляем записи из
/usr/local/ispmgr/etc/rotate.conf
И на всякий случай, перезапускаем ISPManager:
# killall -9 ispmgr