Бывают ситуации, когда не запускается DNS сервер или же просто не отдает информации о некоторых доменах, хотя записи существуют.
Вот, способ, как можно найти проблему:
В Debian выполняем:
# named -g -u bind
В CentOS:
# named -g -u named
И смотрим вывод сообщений.