Часто такая ошибка вызвана тем, что включен eaccelerator или APC.
CentOS
vi /etc/httpd/conf.d/phpmyadmin.conf
И в самый низ блока Directory добавляем:
php_admin_value eaccelerator.enable 0
И перезапускаем Апача:
/etc/init.d/httpd restart
Debian 5 Lenny
vi /etc/apache2/conf.d/phpmyadmin.conf
И в самый низ блока Directory добавляем:
php_admin_value eaccelerator.enable 0
Перезапускаем Апача:
/etc/init.d/apache2 restart
Если установлен APC, то вставляем:
php_admin_flag apc.enabled Off