Столкнулся со следующей ситуацией.

Клиенту нужно было установить Nginx, но вся память (200 Мб) была занята процессами Apache. Через ISPManager установить не удалось.

Так что идем следующим путем:

# /usr/local/ispmgr/sbin/pkgctl install nginx

Перед этим был убит апач, чтобы было больше свободных ресурсов и установилось быстрее.

После установки может создасться неверный конфиг nginx’a. Запускаем апач и выполняем следущее:

# /usr/local/ispmgr/sbin/pkgctl activate nginx

Успехов!