Если столкнулись с такой ошибкой, то нужно вручную удалить домен из /etc/apache2/apache2.conf и /etc/nginx/nginx.conf в Debian/Ubuntu

Далее перезагружам:

# /etc/init.d/apache2 restart

# /etc/init.d/nginx restart

# killall -9 ispmgr

Возможно, выйдет ошибка:

Ошибка: rotate уже существует

Удаляем записи из

/usr/local/ispmgr/etc/rotate.conf

И на всякий случай, перезапускаем ISPManager:

# killall -9 ispmgr