При заходе на http://site.com/manager — открывается ISPManager, а не админка MODx’a.

Решение такое.

Открываем ispmgr.inc:

# vi /usr/local/ispmgr/etc/ispmgr.inc

И меняем

Alias /manager /usr/local/ispmgr/bin/

На

Alias /ispmanager /usr/local/ispmgr/bin/

Сохраняем, закрываем.

Рестартим апач: (В Debian)

# /etc/init.d/apache2 restart

В CentOS:

# service httpd restart

Все. Теперь по адресу http://site.com/ispmanager — у нас будет открываться  ISPManager