Проблема в том, что открываются файлы: http://site.com/file.php/
Со слешем вконце.

В итоге «съезжает» дизайн и т.д.

По-задумке требуется, чтобы отображалась 404, если такой директории нет.

Есть замечательная опция AcceptPathInfo
Смысла переводить не вижу.

По-умолчанию, опция включена. Чтобы показывалась 404, если такого каталога нет, нужно опцию выключить.

Если нужно для всех сайтов отключить, делаем

AcceptPathInfo Off

прямо в конфиге апача.

Если только для некоторых сайтов, то кладем опцию в блок виртуального хоста.