В Debian ISPManager сохраняет правила в файл /etc/iptables.save
И используется два скрипта:
/etc/network/if-up.d/ispmanager_iptables:

#!/bin/sh
/sbin/iptables-restore /etc/iptables.save

/etc/network/if-down.d/ispmanager_iptables:

#!/bin/sh
/sbin/iptables-save > /etc/iptables.save

При запуске и остановке интерфейса соответственно.

В CentOS ISPmanager сохраняет правила в /etc/sysconfig/iptables
И используется стандартный init скрипт /etc/init.d/iptables