В Debian ISPManager сохраняет правила в файл /etc/iptables.save И используется два скрипта: /etc/network/if-up.d/ispmanager_iptables:
#!/bin/sh /sbin/iptables-restore /etc/iptables.save
/etc/network/if-down.d/ispmanager_iptables:
#!/bin/sh /sbin/iptables-save > /etc/iptables.save
При запуске и остановке интерфейса соответственно. В CentOS ISPmanager сохраняет правила в /etc/sysconfig/iptables И используется стандартный init скрипт /etc/init.d/iptables