При перезапуске MySQL получаем ошибки (может быть и другое ПО):

/usr/local/lib/libz.so.1: no version information available (required by mysql)

Решается обновлением libz и libxml2.
В DirectAdmin:

cd /usr/local/directadmin/custombuild
./build update
perl -pi -e ‘s/zlib:1.2.3:.*/zlib:1.2.5:/’ versions.txt
perl -pi -e ‘s/libxml2:2.7.6:.*/libxml2:2.7.8:/’ versions.txt
./build update_data
./build zlib
./build libxml2
./build php n