Стояла задача изменить тип таблиц с MyISAM на InnoDB:
mysql> ALTER TABLE Message ENGINE = InnoDB ;
Query OK, 0 rows affected, 1 warning (0.07 sec)
Records: 0 Duplicates: 0 Warnings: 0

Как видим, запрос выполнился, имеем 1 warning.
В итоге — тип таблицы не изменен.

Как же увидеть этот warning? А легко:
mysql> SHOW WARNINGS;
+---------+------+-------------------------------+
| Level | Code | Message |
+---------+------+-------------------------------+
| Warning | 1286 | Unknown table engine 'InnoDB' |
+---------+------+-------------------------------+
1 row in set (0.03 sec)

Это значит, что MySQL не знает про движок InnoDB.

Открываем файл /etc/mysql/my.cnf и удаляем или комментируем запись:
skip-innodb

Перезапускаем MySQL, меняем тип таблицы.