Если после удаления, ISPManager сыпет нотисами:

Доступен новый отчет от антивируса. Нажмите «Подробнее» для просмотра.

Значит, остались файлы отчетов .avrep.0

Достаточно их удалить из корня (/) и директорий пользователей /var/www/user_name/data/