Часто такая ошибка вызвана тем, что включен eaccelerator или APC.

CentOS

vi /etc/httpd/conf.d/phpmyadmin.conf

И в самый низ блока Directory добавляем:

php_admin_value eaccelerator.enable 0

И перезапускаем Апача:

/etc/init.d/httpd restart

Debian 5 Lenny

vi /etc/apache2/conf.d/phpmyadmin.conf

И в самый низ блока Directory добавляем:

php_admin_value eaccelerator.enable 0

Перезапускаем Апача:

/etc/init.d/apache2 restart

Если установлен APC, то вставляем:

php_admin_flag apc.enabled Off